Постійна температура +11 °С, яка не міняється протягом усього року. Вологість повітря 93-100%, повітря сильно іонізоване завдяки стронцію, який входить до складу кристалів, тому в печері легко дихати. Ці фактори роблять мікроклімат Кришталевої печери цілющим, що дозволяє боротися з таким хворобам як гіпертонія, бронхіальна астма, хронічний бронхіт.